La Confederació Hidrogràfica del Segura (d'ara en avant CHS) va començar a realitzar el control de la qualitat de les aigües l'any 1979. Des de llavors, les xarxes de control de qualitat de les aigües han anat evolucionant notablement, augmentant progressivament els punts de control i el nombre de paràmetres analitzats per a donar resposta a les necessitats que van sorgint i adaptar-les a la normativa en vigor. Un dels canvis més destacats i recents ha sigut l'adaptació de les xarxes existents a les obligacions de la Directiva Marco de l'Aigua (d'ara en avant DMA), al recollit en el seu Art. 8, que estableix l'obligació de comptar amb programes de seguiment o xarxes de control abans de l'any 2007.
La DMA té com a principal objectiu establir un marc europeu per a la gestió de les aigües, definint uns principis bàsics i uns objectius a aconseguir. Els tres pilars de la nova cultura de l'aigua són ecologia, economia (recuperació de costos dels serveis relacionats amb l'aigua) i participació pública.
En la Demarcació Hidrogràfica del Segura hi ha 96 masses d'aigua superficials continentals, de les quals 90 es classifiquen en la categoria ric i 6 de la categoria llac en la categoria llac, tenint totes elles, com a mínim, un punt de control associat.
Periòdicament es realitzen controls en zones protegides, com són els controls en aigües que seran destinades a producció d'aigua potable, en aigües de bany, en zones sensibles i en zones vulnerables.
